1991年,香港黑帮龙头倪坤被杀,倪氏家族旗下五大头目()中除韩琛(曾志伟)外(),均伺机背叛发难,不料却被倪家不起眼的第二代倪永()孝(吴镇宇)不费一兵一卒牵()制(),此举引来重案祖督察黄()志诚(黄()秋生)的戒心,使其派()出警()校学生陈永仁(余文乐)渗入倪家进行长期的卧底工作,而韩琛为了巩固势力,早在警察内部安插了线人刘建明(陈冠希)()。三年后,事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧,决意将五大头目一举()歼灭,却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年,大难不死的韩琛重出江湖,为替死去的同事报仇,黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜,不久却发现()此举铸成大错,而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈()永仁和()刘建明,则在无间道的路上越行越远。